La presente investigación pretende ser una reflexión epistemológica sobre los orígenes y la cultura de la historia natural en el Virreinato de la Nueva Granada, su relación con el movimiento ilustrado europeo y su incidencia en el desarrollo del pensamiento científico neogranadino; se trata de una reflexión desde la filosofía.

En la primera parte se repasa y se pone en diálogo la historiografía sobre las ciencias en Colombia desde el Virreinato hasta la independencia (1739-1819) a través de la reconstrucción del proceso de creación del Museo de Historia Natural y Escuela de Minas. En la segunda parte se presenta una aproximación a los orígenes de la colección de ornitología y del acuario del Museo. Todo lo cual se ha realizado mediante la revisión bibliográfica y de fuentes, así como la realización de visitas y entrevistas.

La investigación evidencia que la Nueva Granada transitó lentamente hacia la modernidad incorporando las prácticas naturalistas e ilustradas europeas, con lo cual, la creación del Museo es una de las consecuencias de la formación de una cultura científica en la historia colombiana compuesta por las diferentes disciplinas de la historia natural.

Palabras clave: Pensamiento científico en Colombia, La Ilustración en América, Museo Nacional de Colombia, Siglos XVIII y XIX.